成化二年（1466年），林瀚中進士，改庶吉士，授翰林院編修。之後再升爲諭德。弘治初年，召修《憲宗實錄》，后充經筵講官。不久，升為國子監祭酒，進禮部右侍郎。
弘治十三年，拜為南京吏部尚書，之後因陳事忤旨乞罷，明孝宗不予批准。正德元年，因丘俊、石介舉薦，改南京兵部尚書，參贊機務。后因病乞休，之後因上言得罪劉瑾，被貶浙江參政，致仕歸鄉。隨即被誣陷為奸黨，直到劉瑾被誅后，林瀚復官，不久再次致仕。林瀚為人謙厚，而自守介然。
死後贈太子太保，謚文安。
其有子林庭㭿、林庭機、林庭桂、林庭枝、林庭杓等九人。福州東林家族在明朝一季，共有八位進士，其中有五位官至尚書。史稱「三代五尚書，七科八進士」。
